Susunan Organisasi Puskesmas Kemranjen II terdiri atas Kepala Puskesmas yang membawahi lima klaster pelayanan, yaitu Klaster Manajemen, Klaster Kesehatan Ibu dan Anak, Klaster Kesehatan Dewasa dan Lansia, Klaster Penanggulangan Penyakit Menular dan Kesehatan Lingkungan (P2M), serta Lintas Klaster. Adapun susunan organisasi adalah sebagai berikut:
Kepala Puskesmas
- dr. Kuntoro
I. Klaster Manajemen
Koordinator:
- Syahri Romadlon, S.Tr.KL
Sub Koordinator:
- Kepegawaian : Syahri Romadlon, S.Tr.KL
- Keuangan : Ika Listiyowati, A.Md.
- Manajemen Sumber Daya : Rally Anita Sari, A.Md.AK
- Manajemen Mutu dan Keselamatan Pasien (KP) : Ulil Khasanah, S.ST., Bdn
- Manajemen Jejaring : Desy Trianita, A.Md.Keb.
- Manajemen Data & Dashboard : Ahmad Sodik
II. Klaster Kesehatan Ibu dan Anak
Koordinator:
- Ana Ratnasari, A.Md.Keb.
Sub Koordinator:
- Ibu Hamil (BUMIL), Ibu Bersalin (BULIN), Ibu Nifas (BUFAS) : Hening Yuliastuti, A.Md.Keb.
- Balita dan Anak Prasekolah : Ana Ratnasari, A.Md.Keb.
- Anak Usia Sekolah dan Remaja : drg. Rizka Maulita Widyasari
III. Klaster Kesehatan Dewasa dan Lansia
Koordinator:
- dr. Meutia Setyowati Mahanani Lestari
Sub Koordinator:
- Dewasa : dr. Meutia Setyowati Mahanani Lestari
- Lansia : Dodi Setiadi, A.Md.Kep.
IV. Klaster Penanggulangan Penyakit Menular dan Kesehatan Lingkungan (P2M)
Koordinator:
- Zurhotun Abadiyah, S.KM
Sub Koordinator:
- Sistem Kewaspadaan Dini dan Respons (SKDR) : Anggun Suprihatin, S.KM.
- Kesehatan Lingkungan (KESLING) : Syahri Romadlon, S.Tr.KL
V. Lintas Klaster
Koordinator:
- dr. Indah Kumala Sari
Sub Koordinator:
- Kegawatdaruratan : Endra Iskandar, A.Md.Kep.
- Laboratorium : Normalita Nugrohowati, A.Md.AK
- Kefarmasian : Maria Uswatun Khasanah, S.Farm., Apt.
- Rawat Inap : Desi Andaru Pusparini, S.Kep., Ners